Análises de WGCNA foram conduzidas utilizando amostras temporais de
RNA-Seq de Yucca aloifolia, alinhadas ao genoma CDS (incluindo
isoformas) por meio do Kallisto. Os valores de TPM de todos os genes e
suas respectivas isoformas foram agregados. Em seguida, a matriz foi
normalizada utilizando o método TMM. Por fim, aplicou-se um filtro para
remover genes com valores inferiores a 5 em todas as amostras, reduzindo
o número de genes de 43450 para 23862 genes.
Article
RNAseq
Genome
Samples ID
Abaixo estão os IDs completos e abreviados de cada amostra, com o
objetivo de facilitar a visualização dos resultados. Em alguns gráficos,
os IDs podem não incluir o número da replicata, indicando que o
resultado representa a média das replicatas.
Irrigated
- Yuccaaloifolia_Irrigated_Sample01.1h_Replicate1 =
Ya_I_S01.1h_R1
- Yuccaaloifolia_Irrigated_Sample01.1h_Replicate2 =
Ya_I_S01.1h_R2
- Yuccaaloifolia_Irrigated_Sample01.1h_Replicate3 =
Ya_I_S01.1h_R3
- Yuccaaloifolia_Irrigated_Sample02.5h_Replicate1 =
Ya_I_S02.5h_R1
- Yuccaaloifolia_Irrigated_Sample02.5h_Replicate2 =
Ya_I_S02.5h_R2
- Yuccaaloifolia_Irrigated_Sample02.5h_Replicate3 =
Ya_I_S02.5h_R3
- Yuccaaloifolia_Irrigated_Sample03.9h_Replicate1 =
Ya_I_S03.9h_R1
- Yuccaaloifolia_Irrigated_Sample03.9h_Replicate2 =
Ya_I_S03.9h_R2
- Yuccaaloifolia_Irrigated_Sample03.9h_Replicate3 =
Ya_I_S03.9h_R3
- Yuccaaloifolia_Irrigated_Sample04.13h_Replicate1 =
Ya_I_S04.13h_R1
- Yuccaaloifolia_Irrigated_Sample04.13h_Replicate2 =
Ya_I_S04.13h_R2
- Yuccaaloifolia_Irrigated_Sample04.13h_Replicate3 =
Ya_I_S04.13h_R3
- Yuccaaloifolia_Irrigated_Sample05.17h_Replicate1 =
Ya_I_S05.17h_R1
- Yuccaaloifolia_Irrigated_Sample05.17h_Replicate2 =
Ya_I_S05.17h_R2
- Yuccaaloifolia_Irrigated_Sample05.17h_Replicate3 =
Ya_I_S05.17h_R3
- Yuccaaloifolia_Irrigated_Sample06.21h_Replicate1 =
Ya_I_S06.21h_R1
- Yuccaaloifolia_Irrigated_Sample06.21h_Replicate2 =
Ya_I_S06.21h_R2
- Yuccaaloifolia_Irrigated_Sample06.21h_Replicate3 =
Ya_I_S06.21h_R3
Drought
- Yuccaaloifolia_Drought_Sample01.1h_Replicate1 =
Ya_D_S01.1h_R1
- Yuccaaloifolia_Drought_Sample01.1h_Replicate2 =
Ya_D_S01.1h_R2
- Yuccaaloifolia_Drought_Sample01.1h_Replicate3 =
Ya_D_S01.1h_R3
- Yuccaaloifolia_Drought_Sample02.5h_Replicate1 =
Ya_D_S02.5h_R1
- Yuccaaloifolia_Drought_Sample02.5h_Replicate2 =
Ya_D_S02.5h_R2
- Yuccaaloifolia_Drought_Sample02.5h_Replicate3 =
Ya_D_S02.5h_R3
- Yuccaaloifolia_Drought_Sample03.9h_Replicate1 =
Ya_D_S03.9h_R1
- Yuccaaloifolia_Drought_Sample03.9h_Replicate2 =
Ya_D_S03.9h_R2
- Yuccaaloifolia_Drought_Sample03.9h_Replicate3 =
Ya_D_S03.9h_R3
- Yuccaaloifolia_Drought_Sample04.13h_Replicate1 =
Ya_D_S04.13h_R1
- Yuccaaloifolia_Drought_Sample04.13h_Replicate2 =
Ya_D_S04.13h_R2
- Yuccaaloifolia_Drought_Sample04.13h_Replicate3 =
Ya_D_S04.13h_R3
- Yuccaaloifolia_Drought_Sample05.17h_Replicate1 =
Ya_D_S05.17h_R1
- Yuccaaloifolia_Drought_Sample05.17h_Replicate2 =
Ya_D_S05.17h_R2
- Yuccaaloifolia_Drought_Sample05.17h_Replicate3 =
Ya_D_S05.17h_R3
- Yuccaaloifolia_Drought_Sample06.21h_Replicate1 =
Ya_D_S06.21h_R1
- Yuccaaloifolia_Drought_Sample06.21h_Replicate2 =
Ya_D_S06.21h_R2
- Yuccaaloifolia_Drought_Sample06.21h_Replicate3 =
Ya_D_S06.21h_R3
Cluster Dendrograms for Outlier Detection and Removal

As amostras Ya_I_S02.5h_R2,
Ya_I_S04.13h_R2 e Ya_D_S06.21h_R2 são
claramente outliers e serão removidas. De acordo com o dataset estas
amostras apresentaram uma porcentagem de alinhamento no kallisto, mais
baixa que as demais amostras.

Soft Threshold (Power)

O valor de Soft Threshold Power utilizado nesta
análise foi de: 22
Gene clustering

Cluster Dendrogram with module colors


## Total de genes: 23849
## Genes agrupados em módulos: 16227
## Genes não agrupados: 7622

Heat map WGCNA


Heat map WGCNA Filtered
O heatmap abaixo foi gerado a partir do heatmap anterior, que passou
por um tratamento especÃfico de filtragem no script. Nesse processo,
foram filtradas as interações com correlações (Corr) altamente positivas
ou negativas, bem como valores de significância ideais (p-value). Os
critérios de corte utilizados foram os seguintes:
- Corr: ≥ 0,5 ou ≤ -0,5
- p-value: < 0.05
Os módulos que não atenderam a esses critérios foram removidos,
garantindo que apenas as interações mais relevantes fossem exibidas no
heatmap.


Clique Percolation Method (CPM)
Rede de módulos da Yucca aloifolia (CAM)
