Análises de WGCNA foram conduzidas utilizando amostras temporais de RNA-Seq de Yucca aloifolia, alinhadas ao genoma CDS (incluindo isoformas) por meio do Kallisto. Os valores de TPM de todos os genes e suas respectivas isoformas foram agregados. Em seguida, a matriz foi normalizada utilizando o método TMM. Por fim, aplicou-se um filtro para remover genes com valores inferiores a 5 em todas as amostras, reduzindo o número de genes de 43450 para 23862 genes.

Article

RNAseq

Genome


Samples ID

Abaixo estão os IDs completos e abreviados de cada amostra, com o objetivo de facilitar a visualização dos resultados. Em alguns gráficos, os IDs podem não incluir o número da replicata, indicando que o resultado representa a média das replicatas.


Irrigated


Drought


Cluster Dendrograms for Outlier Detection and Removal


As amostras Ya_I_S02.5h_R2, Ya_I_S04.13h_R2 e Ya_D_S06.21h_R2 são claramente outliers e serão removidas. De acordo com o dataset estas amostras apresentaram uma porcentagem de alinhamento no kallisto, mais baixa que as demais amostras.



Soft Threshold (Power)

O valor de Soft Threshold Power utilizado nesta análise foi de: 22


Gene clustering


Cluster Dendrogram with module colors

## Total de genes: 23849
## Genes agrupados em módulos: 16227
## Genes não agrupados: 7622

Heat map WGCNA

Heat map WGCNA Filtered

O heatmap abaixo foi gerado a partir do heatmap anterior, que passou por um tratamento específico de filtragem no script. Nesse processo, foram filtradas as interações com correlações (Corr) altamente positivas ou negativas, bem como valores de significância ideais (p-value). Os critérios de corte utilizados foram os seguintes:

  • Corr: ≥ 0,5 ou ≤ -0,5
  • p-value: < 0.05

Os módulos que não atenderam a esses critérios foram removidos, garantindo que apenas as interações mais relevantes fossem exibidas no heatmap.

Clique Percolation Method (CPM)


Rede de módulos da Yucca aloifolia (CAM)

##     k Intensity Number.of.Communities Number.of.Isolated.Nodes Ratio.Threshold Chi.Threshold
## 479 4    0.7615                     7                       35        2.095238     0.6914328
## 454 4    0.7740                     7                       43        1.900000     0.7219986
## 455 4    0.7735                     7                       43        1.900000     0.7219986
## 456 4    0.7730                     7                       43        1.900000     0.7219986
## 457 4    0.7725                     7                       43        1.900000     0.7219986
## 37  3    0.7820                     6                       33        1.428571     3.1060810
## 29  3    0.7860                     6                       35        1.357143     3.5235269
## 30  3    0.7855                     6                       35        1.357143     3.5235269
## 31  3    0.7850                     6                       35        1.357143     3.5235269
## 480 4    0.7610                     6                       35        1.913043     1.2802698
## 481 4    0.7605                     6                       35        1.913043     1.2802698
## 482 4    0.7600                     6                       35        1.913043     1.2802698
## 483 4    0.7595                     6                       35        1.913043     1.2802698
## 20  3    0.7905                     6                       36        1.370370     3.2811762
## 21  3    0.7900                     6                       36        1.370370     3.2811762
## 22  3    0.7895                     6                       36        1.370370     3.2811762
## 23  3    0.7890                     6                       36        1.370370     3.2811762
## 24  3    0.7885                     6                       36        1.370370     3.2811762
## 25  3    0.7880                     6                       36        1.370370     3.2811762
## 26  3    0.7875                     6                       36        1.407407     3.2811762
## 27  3    0.7870                     6                       36        1.407407     3.2811762
## 28  3    0.7865                     6                       36        1.407407     3.2811762
## 17  3    0.7920                     6                       37        1.333333     3.2811762
## 18  3    0.7915                     6                       37        1.333333     3.2811762
## 19  3    0.7910                     6                       37        1.333333     3.2811762
## 15  3    0.7930                     6                       38        1.296296     3.7573759
## 16  3    0.7925                     6                       38        1.296296     3.7573759
## 478 4    0.7620                     6                       38        2.047619     0.9293024
## 7   3    0.7970                     6                       39        1.296296     4.3456776
## 8   3    0.7965                     6                       39        1.296296     4.3456776
## 
## Results of clique percolation community detection algorithm
## 
## --------------------
## 
## User-specified Settings
## 
## method = weighted 
## k = 3
## I = 0.782
## 
## --------------------
## 
## Results
## 
## Number of communities: 6 
## Number of shared nodes: 6 
## Number of isolated nodes: 33 
## 
## --------------------
## 
## --------------------
## Communities (labels as identifiers of nodes)
## --------------------
## 
## Community 1 : GM001 GM002 GM005 GM006 GM007 GM008 GM010 GM011 GM014 GM015 GM016 GM017 GM018 GM019 GM020 GM025 GM029 GM030 GM033 GM035 GM037 GM038 GM039 GM040 GM041 GM042 GM043 GM044 GM045 GM046 GM047 GM048 GM049 GM051 GM052 GM053 GM054 GM056 GM057 GM095 
## Community 2 : GM068 GM070 GM071 GM073 GM074 GM075 GM076 GM077 GM078 GM079 GM080 GM081 GM082 GM083 GM084 GM085 GM086 GM087 GM088 GM099 GM100 GM101 GM102 GM103 GM104 GM105 GM106 GM107 
## Community 3 : GM091 GM092 GM093 GM096 GM106 
## Community 4 : GM023 GM024 GM025 GM026 GM030 
## Community 5 : GM033 GM034 GM043 
## Community 6 : GM002 GM003 GM004 
## 
## 
## --------------------
## Shared nodes (labels as identifiers of nodes)
## --------------------
## 
## GM002 GM025 GM030 GM033 GM043 GM106 
## 
## 
## --------------------
## Isolated nodes (labels as identifiers of nodes)
## --------------------
## 
## GM009 GM012 GM013 GM021 GM022 GM027 GM028 GM031 GM032 GM036 GM050 GM055 GM058 GM059 GM060 GM061 GM062 GM063 GM064 GM065 GM066 GM067 GM069 GM072 GM089 GM090 GM094 GM097 GM098 GM108 GM109 GM11 NA


Tamanho das comunidades

Os números indicam as comunidades, e o tamanho dos círculos reflete o número de módulos em cada comunidade, ou seja, círculos maiores correspondem a comunidades que contêm mais módulos. Além disso, as arestas que conectam os módulos mostram o nível de correlação entre eles, variando em largura e intensidade de cor.


Rede dos módulos em comunidades

As cores no gráfico representam comunidades de módulos com alta correlação entre si. Esta rede é ponderada, ou seja, as arestas conectando os módulos indicam o nível de correlação entre eles, variando em largura e intensidade de cor conforme a força da correlação.

Os módulos isolados, que não foram agrupados em nenhuma comunidade, são representados pela cor branca.

## Warning in qgraph::qgraph(W, DoNotPlot = TRUE): Some labels where not
## abbreviatable.
## Warning in qgraph::qgraph(qgraph::getWmat(W), pie = node_split, pieColor =
## colors_nodes, : Some labels where not abbreviatable.